Sindrom pekočih ust lahko nastane zaradi sistemskih bolezni v našem telesu, zaradi stranskih učinkov zdravil, zaradi kajenja, pitja alkoholnih, predvsem žganih pijač, zaradi preveč pekoče in agresivne hrane, zaradi alergij na zobozdravstvene materiale pri protetičnih rehabilitacijah, velikokrat pa nastane iz neznanih razlogov.

Sindrom pekočih ust se je tudi pri laserski terapiji izkazal za stanje, ki ga je težko dokončno odpraviti, v večini primerov ga pa lahko bistveno izboljšamo. Včasih je potrebnih več terapij kot pa za večino ostalih bolečin, ki jih zdravimo z lasersko fotobiomodulacijo in protibolečinsko terapijo.